（一）办公室 

负责处理机关日常政务；负责有关文件的起草、重要会议的组织安排、文秘、机要、信息、宣传、统计、信访、档案、财务管理、安全保卫、计划生育等工作；编制审计工作规划，安排年度审计项目计划；负责联系特约审计员；承担局机关及直属单位的政务信息化方面的职责，开展本单位门户网站的建设、运行管理和内容保障工作；承担局机关政务信息公开的日常工作，监督检查政务信息使用、利用和实时更新情况；利用网络平台，推进办公现代化，2010年年底前实现无纸化办公。

（二）法规科

起草审计工作的地方性规章草案；研究财政、经济方面的法规和政策，提出有关建议；组织实施审计普法教育；审理有关审计业务事项；承担机关行政复议、行政应诉等工作；组织对全市审计机关和社会审计组织业务质量的监督检查；指导内部审计工作。

（三）财政金融审计科

负责拟订市级预算执行情况的审计实施方案，汇总审计结果；负责审计市级预算执行情况、市地方税务系统税收征管情况、市级国库办理市级预算资金的收纳拨付情况、县区政府预算执行、决算及其他财政收支情况；负责审计市财政局、地方税务局等部门及其下属单位的财务收支状况；负责审计全市地方性银行和非银行金融机构资产、负债、损益状况；开展相关专项审计调查。

（四）行政事业审计科

负责审计与市财政有拨缴款关系的市人大、政协、法院、检察院机关和政党组织、社会团体的财务收支；负责审计市政府有关部门及直属单位的财务收支；开展相关专项审计调查。

（五）农业与资源环保审计科

负责审计市政府农业与资源环保主管部门和全市县区政府管理的农业专项资金、资源能源和生态环境保护资金；开展相关专项审计调查。

（六）固定资产投资审计科

负责审计市重点建设项目和市政府投资的建设项目的预算执行情况和决算；受省审计厅委托，审计国家在信阳市的重点建设项目的预算执行情况和决算；开展相关专项审计调查。

（七）企业审计科

负责审计市属国有企业和国有控股企业的资产、负债和损益；开展相关专项审计调查。

（八）社会保障审计科

负责审计市政府主管部门、县区政府管理和其他单位受市政府委托管理的社会保险基金、社会捐赠资金、彩票公益金；开展相关专项审计调查。

（九）外资运用审计科

负责审计国际组织和外国政府援助、贷款项目、市政府驻境内外非经营性机构（不含派出机构审计办公室审计的范围）的财务收支；开展相关专项审计调查。

（十）经济责任审计办公室

研究拟订全市经济责任审计的有关规定、办法；负责对全市经济责任审计工作的指导检查；组织、协调和督导市管领导干部及依法属于市审计局审计监督对象的其他领导人员经济责任审计工作；承担市辖县（区）审计局局长经济责任审计；承担市经济责任审计领导小组办公室的日常工作。

（十一）派出机构审计办公室

负责审计潢川经济开发区、鸡公山管理区、上天梯非金属矿管理区、羊山新区筹备处、南湾湖风景区管理区、信阳工业城筹备处的财务收支情况；开展相关专项审计调查。

（十二）人事科

负责机关及直属事业单位的人事管理、机构编制及离退休老干部管理与服务工作；承办协管县区审计机关负责人的有关事项；组织和指导全市审计系统的教育培训工作。

机关党组织及纪检（监察）机构按有关规定设置。